Ha pasado un tiempo desde que Peter Parker como Spider-Man salvo a la ciudad (al derrotar al Duende Verde, reclutar jóvenes héroes para S.H.I.E.L.D. y ganar el Concurso de Campeones (cuando su tía May, Flash Thompson (Agente Venom) y Amadeus Cho (Araña de Hierro) descubrieron su identidad)), toda su vida ha cambiado a su alrededor. Ahora, Spider-Man, Agente Venom y Araña de Hierro son capaces de detener al Doctor Octopus. Mientras que en el Tri-Carrier de S.H.I.E.L.D., Nick Fury nombra a Spider-Man como su instructor, pero el Doctor Octopus desata un Octobot en miniatura para introducirse en los nanobots de Enjambre donde empieza a remodelar el Tri-Carrier y Ock cambia a una nueva apariencia siniestra.